ضدعفونی کردن تجهیزات پزشکی به معنای از بین بردن باکتریها، قارچها، ویروسها یا دیگر میکروارگانیسمهای بیماریزا از سطح وسایل و تجهیزات مختلف است. در عمل ضدعفونی معمول که با استفاده از موادی همچون الکل، هیپوکلریت سدیم و پوویودین یددار انجام میشود، همه اجزای میکروارگانیسمها از جمله اندواسپور یا پریونها کشته نمیشوند.